WTO與早期的GATT不同，GATT只是一個協定，而WTO是一個具有法人地位的國際組織。在內國法中，政府之組織與執掌一般皆以法律定之，而身為一個國際組織，WTO之組織結構與其下所有附屬機關之執掌則由GATT 1947之會員在「烏拉圭談判回合」談判所簽署之協定規範之，這些協定總稱為「烏拉圭回合多邊貿易談判協定」。「烏拉圭回合多邊貿易談判協定」內位階最高之協定為「馬爾喀什建立世界貿易組織協定」（Marrakesh Agreement Establishing The World Trade Organization，簡稱WTO協定），該協定為WTO勾勒出整個組織架構，底下我們就為讀者介紹WTO協定中所規定的重要機關以及運作方式。另請參照WTO組織結構圖。

一、WTO之組織結構

WTO最高決策之機構為「部長會議」，由所有會員代表組成。於部長會議之下，設有「總理事會」、「貿易政策檢討機構」及「爭端解決機構」負責相關事務。在總理事會下另設有「貨品貿易理事會」、「服務貿易理事會」、以及「與貿易有關智慧財產權理事會」，負責有關貨品貿易、服務貿易與保護智慧財產權規範之執行。

WTO另設有秘書處，以秘書長為首，其主要功能乃在協助各會員國執行WTO所屬各機構之決議事項，並負責處理WTO日常行政事務，工作人員約500人。秘書長之任命、權力、職責、服務條件及任期皆由部長會議決定之。

茲分別就部長會議、總理事會及其所轄各理事會，簡介如下：

部長會議（Ministerial Conference）：

由所有會員代表組成，為WTO最高決策機關，每兩年至少集會一次，有權依會員之請求，按照WTO協定及相關多邊貿易協定規定之要件，對於多邊貿易協定下之任何事項作成決議，並具有任命WTO秘書長之權力。在部長會議之下，尚有數個機構如下：

■    總理事會：代替部長會議於休會期間綜理WTO日常事務。

■    委員會：包括貿易與環境、貿易與發展、區域貿易協定、收支平衡設限、預算、財務及管理等各委員會，負責相關業務之管理與執行。

■    入會工作小組

■    工作小組：包括貿易與投資關係、貿易與競爭政策互動、政府採購透明化、貿易、債務與金融、貿易與技術移轉等工作小組，負責相關業務之執行。

總理事會（General Council）：

總理事會亦由WTO全體會員代表組成，其功能為在部長會議休會期間，由其代為執行部長會議之職權，並監督貨品貿易理事會、服務貿易理事會及與貿易有關之智慧財產權理事會之運作。依據WTO協定之規定，總理事會另外還扮演兩個角色：

■    「爭端解決機構」（Dispute Settlement Body，DSB）：處理貿易爭端案件，以及

■    「貿易政策審查機構」（Trade Policy Review Body，TPRB）：履行「貿易政策審查機制」（Trade Policy Review Mechanism，TPRM）所規定之職責。

貨品貿易理事會（Council for Trade in Goods）：

貨品貿易理事會應在總理事會之指導下運作，負責監督多邊貿易協定附件一A之運行，以及執行相關協定及總理事會所賦予之功能。在本理事會下之附屬機構有：

■    委員會：包括「市場開放」、「農業」、「食品衛生檢驗與動植物檢疫措施」、「與貿易有關投資措施」、「原產地規則」、「技術性貿易障礙」、「補貼暨平衡措施」、「反傾銷」、「輸入許可證」、「關稅估價」、「防衛措施」等十一個委員會。

■    工作小組：包括「國營貿易事業」與「裝運前檢驗」等二個工作小組，以及

■    「紡品監督機構」。

服務貿易理事會（Council for Trade in Services）：

服務貿易理事會應在總理事會之指導下運作，負責監督多邊貿易協定附件一B之運行，以及執行相關協定與總理事會所賦予之功能。本理事會下設有：

■    委員會：包括「特定承諾」、「金融服務業」等二個委員會，以及

■    工作小組：包括「專業服務」與「GATS規則」等二個工作小組。

與貿易有關智慧財產權理事會（Council for Trade-Related Aspects of Intellectual Property Rights）：

本理事會應在總理事會指導下運作，並監督多邊貿易協定附件一C之運行，以及執行相關協定及總理事會所賦予之功能，包括審查已開發國家與新入會國家相關智慧財產權法規、各國法規異動所提出的通知之審查等相關業務。

杜哈發展議程（Doha development Agenda）

另外，依據2001年11月杜哈部長會議（Doha Ministerial Conference）之指示，WTO相關機構應對部長們所指定之議題進行新回合談判，部長會議因此授權總理事會成立貿易談判委員會（Trade Negotiation Committee，TNC），負責談判工作之執行。TNC以下列方式進行談判工作：

■    特別會議（special session）：TNC在「服務貿易理事會」、「TRIPs理事會」、「爭端解決機構」、「農業委員會」、「貿易與發展委員會」以及「貿易與環境委員會」下成立特別會議，負責談判工作之進行。

■    工作小組：TNC成立「市場進入」與「WTO規則」工作小組負責相關談判之執行，其中「WTO規則」包括反傾銷措施、補貼及平衡措施、以及區域貿易協定三者。

二、WTO之運作

1.     決策程序

GATT 1947雖然在第25條規定原則上決策的方法為「一國一票，並以多數決為之」，然而事實上許多事務的決定均透過談判與妥協來達成，形式上之投票未必重要，「共識」反而是較為重要的決策方式。所謂「共識決」（consensus）是指在做成決議之會議中並無出席者對於待決議案正式提出異議，亦即消極的不反對即可。WTO原則上遵循此一基本原則，並無改變。

依據WTO協定之相關規定，WTO之決策事項與方法有下列五種：

(1)一般性決策：以共識決為原則，若無法達成共識，則以一國一票，簡單多數決（投票者過半數）為之。

(2)任何協定條文之解釋權：以共識決為原則，若無法達成共識，任何多邊協定之解釋案，應以會員四分之三之多數決通過。

(3)行使豁免權：以共識決為原則，若無法達成共識，關於部長會議行使豁免特定會員在多邊協定下之特定義務之決議，應以四分之三之多數決通過。

(4)修改協定：以共識決為原則，若無法達成共識，多邊協定條文之修正案，應視各該條文之性質採一致決，三分之二多數決，或四分之三多數決；惟其修正內容如改變會員之權利義務則僅對接受修正案之會員生效。

(5)新會員之加入：須在部長會議中經三分之二多數決通過。WTO總理事會於一九九六年十月之會議中決議，對於新會員之入會審查案，採共識決之方式。因此對新會員之入會審查，已改以共識決為原則，但原條文有關三分之二多數決之規定仍然有效。

(6)部長會議關於談判其他協定之決策：例如前述杜哈部長會議決議展開各項議題之新回合談判，即為適例。此種決策亦以共識決為主，否則以簡單多數決為之即可。

(7)複邊貿易協定：關於複邊貿易協定之決策與修正，依各該複邊貿易協定之規定行之。某一貿易協定締約國得要求部長會議以共識決（且僅得以共識決），將該協定納入複邊貿易協定（附件四）內。

2.入會程序

(1)    提出申請

想要申請入會之國家，應依據WTO協定第十二條之規定提出入會申請案，申請時除了要提交一份「表達申請入會意願書」外，尚須提交一份「外貿體制備忘錄」，詳細敘述申請國之外貿體制、總體經濟情形與貿易規範之內容。

(2)    成立「工作小組」

總理事會於受理申請案後，會立即成立「工作小組」對該入會申請案進行審查。　

(3)    完成入會雙邊諮商工作：

各WTO會員均可向入會工作小組提出要求，與入會申請國就該國之市場開放議題進行雙邊諮商。申請國應與各要求雙邊諮商之會員進行入會諮商，並逐一簽署雙邊協議，協議之內容包括協議文、關稅減讓表及服務承諾表，並由當事國雙方及秘書處各執存乙份。鑒於申請入會國之外貿體制中常存有種種之非關稅貿易障礙，該等非關稅障礙均必須在入會前予以消除，或修正為符合WTO規範之措施。雖該等問題係屬於體制性之多邊議題，而非雙邊問題，但因涉及入會市場開放問題，因此亦有可能納入雙邊協議中。

(4)    草擬工作小組報告及入會議定書：

申請國在各項雙邊諮商獲致具體進展後，且工作小組對該國之外貿體制審查亦已接近完成階段時，WTO秘書處將根據各項雙邊諮商及歷次工作小組會議討論所獲得之結論，草擬「工作小組報告」及「入會議定書」草案。

(5)    彙總及核驗關稅減讓表及服務業承諾表：

申請國與各會員諮商獲致之各項關稅減讓內容及服務業承諾必須予以彙編成「關稅減讓彙總表」及「服務貿易特定承諾表」等兩項彙總文件，附加於「工作小組報告」及「入會議定書」成為該兩份文件之附錄。各參與雙邊諮商之會員應依據其雙邊諮商之協議，對該減讓表與承諾表進行核驗，俾確保申請國在未來入會後，其市場開放之承諾能充分正確地記載於此兩項文件中。

(6)    入會工作小組通過相關入會文件：

參與入會工作小組之會員完成入會申請國「關稅減讓彙總表」及「服務業承諾表」之核驗，以及確認「工作小組報告」與「入會議定書」之內容後，入會工作小組即可通過相關入會文件，並建議總理事會或部長會議通過申請國之入會申請，並通過其「工作小組報告」與「入會議定書」。

(7)    部長會議或總理事會通過申請國入會案：

依照總理事會於1995年11月15日所通過之決議，入會案原則上應以「共識決」為之，而不再訴諸投票表決；若部長會議或總理事會無法就該案達成共識，理論上仍然可以依照WTO協定第12條之規定以投票表決，但是實務上尚未發生無法達成共識而採投票表決入會申請案之案例。

(8)    正式入會

提出申請之會員依其內國法律體制之規定完成批准程序，並將前述各項文件連同「確認接受邀請入會函」遞交WTO秘書處。在秘書處接獲並存放上述文件三十天之後，申請會員即正式成為會員。