自從我國於2002 年1月1日成為世界貿易組織（WTO）會員後, 政府便積極籌劃成立專責研究機構，以辦理WTO事務與議題之研究、宣導、人才培訓及資料庫建置等工作。在中華經濟研究院（中經院）前董事長蕭萬長先生領導下，並獲得經濟部國際貿易局及外交部的指導支持，於2003年9月8日建立台灣WTO中心。

近年來隨著如跨太平洋夥伴協定（TPP）、區域全面經濟夥伴協定(RCEP) 、自由貿易協定（FTA）等區域及雙邊貿易協定(Regional Trade Agreement, RTA) ，成為亞太及全球發展趨勢，我國亦以推動經濟合作協定（ECA）及加入TPP/RCEP為關鍵經貿政策，故本中心的任務已由WTO延伸至RTA領域，故於2013年更名為「WTO及RTA中心」

本中心的主要工作包含：進行各項策略性及重要性的跨領域研究，以支援WTO/RTA議題決策與談判工作；建置WTO/RTA資料庫、網站以及WTO及RTA電子報，促進相關資訊流通，促進知識共享；三是培育WTO/RTA經貿人才，強化對國際經貿事務之參與能力。四是透過國際交流活動，提升參與WTO/RTA成果。

本中心的指導單位為經濟部國際貿易局及外交部。現任執行長由中經院院長張傳章博士兼任，資深副執行長為李淳博士，副執行長則為顏慧欣博士。